Я еще немножко уточню. Тут нужно понимать ,что при переходе из одного варианта реальности в другое - разум объединяется. И Букер (тот, который не принял крещение и стал алкоголиком) вошел в сознание Комстока и дал себя убить. И все вселенные где был Комсток просто взяли и исчезли, поэтому исчезли и все Элизабет. Временной аномалии нет, остались только одна реальность с ДРУГИМ уже Букером, который не продал свою дочь.

Это те кто думает что вселенные исчезли
Хорошо что вот хоть игры такие выходят. которые хоть на немного включают детский обезумевший от игр моск А вообще это всё печально.

Самое главное что в реальности нашего Букера умерла и жена и дочь(вспомните он удивлеятся Знаку AD, что означает "Anna Dewitt" на своей руки и ребенку в люльке, говоря что все было не так и как в конце говорила Элизабет "She's Gone" значит она умерла, а не "ее нет" (как наши локализаторы перевели), показывает обветшалую комнату и говорит что последние 20 лет он провел в одиночестве со своими грехами, после чего открывается разрыв и Брат с сестрой Лютез переносят Нашего букера в реальность где Дочь выжила, но из-за долгов он ее продал.
При переходе у него проявились новые воспоминания, а его мозг додумал остальное, как сказал Роберт Лютез в конце "его мозг адаптируется" От сюда и происходит "Приведи девчонку и мы в расчете" это просто смесь памяти другой реальности, воображения и алкоголя (вспомните эту сцену, он бухой там))
( Роберт Лютез поставил перед сестрой условие что они помогут вернуть Элизабет или он уйдет, Комсток организовал покушение на них, на брат с сетрой выжили но были рассеяны по реальностям вероянтности поэтому они могут появится где угодно)